提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
浙江杭州临平启动“浙里来消费·嗨购金兔年”2023年货节******
1月7日,“浙里来消费·嗨购金兔年”2023年货节暨“新临平·新消费”主题展启动仪式于杭州市临平区艺尚国际秀场启动。年货节采用线上线下结合方式进行,活动现场设置“美食佳肴乐味购、智能幸福家惠民购、美酒饮品美味购、文旅助游乡愁购、年俗年味欢乐购、乡村共富助农购”等六大区块,约60个展位。
“美食佳肴乐味购”区邀请餐饮和进口食品龙头企业推出特色年夜饭、预制菜和进口食品展示,开展年夜饭网上预订、年夜饭进万家活动;“智能幸福家惠民购”区邀请新概念能源车企展示汽车新技术;“美酒饮品美味购”区邀请酒品龙头企业推出进口红酒、本省黄酒、五加皮、莲子酒、奶茶等地方特色水酒饮品展示,同时邀请绍兴塔牌黄酒工匠大师现场讲解家庭定制及储存知识。
“文旅助游乡愁购”区邀请文旅龙头企业展示酒店民宿及旅游线路服务,重点推荐山区26县旅游线路;“年俗年味欢乐购”区邀请西泠印社等单位推出“大师送福”“迎新剪纸”现场表演活动,邀请花卉企业展示盆景花卉,现场表演插花技艺,邀请文创礼品等企业展示有传统年味的礼品礼盒;“乡村共富助农购”区邀请农产品龙头企业展示山区26县优质农产品、非遗产品。
此外,年货“新临平·新消费”主题展区分“新传承、新生活、新智造”3个主题馆。“新传承”以历史底蕴深厚的大运河文化为主线,展示区内老刀食品、法根糕点和同福永酒业等临平区内浙江省老字号创新产品;“新生活”重点展示崴芸科技、楠宋瓷业、臻元箱包等临平时尚产业文化和文创产品;“新智造”主要展示老板电器、春风动力、西奥电梯等一批国内外品牌,体现临平智能制造产业的高质量发展动力。近年来,临平区围绕打造“品质之城”目标,“1+3+3+N”的商业布局加速形成,商贸服务业GDP占比达到45%。截至2022年底,区内直播电商企业超1500家、网络零售突破800亿元。构美、鸭梨互动、博观瑞思3家获评抖音官方认证钻石服务商,塘栖获评省级数字生活特色镇。老板电器建成 “5G+工业互联网”智慧工厂、产品连续18年全国市场占有第一。春风摩托成为专业高端动力运动装备的国际化品牌,产品远销近百个国家和地区。区内老刀食品、同福永酒业和发根糕点等12家浙江省老字号企业新产品迭代升级。
以艺尚小镇为圆心,伊芙丽、INXX、崴芸科技和申米服饰等时尚产业集聚形成,朱炳仁、楠宋瓷业、臻元箱包和晚峰榫卯一批文创产品挖掘消费新热点。(光明日报全媒体见习记者刘习 记者 陆健)